Tällaisen operaation tehneenä voin ainakin suositella, että älä hötkyile. Google ottaa vanhat sivut pois Googlesta juuri sitten kun itse haluaa.
Riippuen sisällön määrästä vanhalla sivustolla, teet käsin .htaccess-tiedoston, johon laitat 301 Redirectin jokaiselta vanhalta sivulta uusille sivuille, kuten edellä sanottiin.
Jos haluat hötkyillä, ohjaat jollakin skriptillä kaiken massana uudelle sivustolle, jonne teet jonkin skriptan, joka syöttää ohjaa kävijää oikeaan suuntaan. Tämä toimii näppärästi jos molemmat sivustot ovat dynaamisia, mutta dynaamisuuden logiikka on muuttunut joksikin, joka on helposti tietokoneelle selitettävissä. Uuden domainin juureen siis 301 Redirect osoitteeseen
http://uusi.fi/vastaanottaja.php (esim)
Esim. vanha sivu on vanha.fi/2009/08/27/sivun-nimi.html ja uusi sivu on uusi.fi/2009-08-27/sivunnimi.html. Aika monelle CMS-parille löytyy tällaisia migraatioskriptoja.
Itse kokeilin poistaa vanhoja sivuja raivolla Googlesta ja onnistuin siinä

NOINDEX, NOFOLLOW meta-tagi kaikkialle, robots.txt:stä kielto kaikelle. Varmasti tulee haluttua tuhoa aikaan.